शहानी कैदेंत होतां तोपर्यंत शिवाजीनें कांहीं ढवळाढवळ केली नाहीं. १६५७ त शहाजी मोकळा झाला तेव्हां शिवाजीने आपला क्रम पुनः सुरू केला. विजापूरदरबारनेंही मोंगलाशी तह करून शिवाजीची खोड मोडण्याची तयारी चालविली. या वेळेपासून शिवाजीच्या कारकीर्दीच्या दुस-या भागास आरंभ झाला. विजापूरदरबाराशी संग्राम हाच काय तो या भागांतील मुख्य कथाभाग होय. या भांडणांत मुधोळचे घोरपडे, जावळीचे मोरे, वाडीचे सांवत, दक्षिणकोंकणांतील दळवी, ह्मसवाडचे माने, श्रीरंगपूरचे सुरवे व शिरके, फलटणचे निंबाळकर, मालवडीचे घाटगे वगैरे विजापूरदरबारचे पदरीं नोकरीस असलेल्या मोठमोठ्या मराठे सरदारांशीं सामना करण्याचा शिवाजीस प्रसंग आला. या सर्व सरदारांस निरा आणि कृष्णा या दोन नद्यांमधील प्रदेश जहागीर होता. आपल्या जहागिरीच्या आसपासच्या सरदारांत एकी करून त्यास जसें शिवाजीनें आपल्या मदतीस घेतलें होतें, तसें या सरदारांसही घ्यावें असा शिवाजीचा प्रथम बेत होता; पण त्या मानी सरदारांस शिवाजीचें हे ह्मणणें मानवेना. चंद्रराव मो-यानें तर शिवाजीस अचानक धरून मारण्याकरतां विनापूरदरबारनें पाठविलेल्या बाजीशामराजे नांवाच्या ब्राह्मणास व त्याच्या अनुयायास आपल्या जहागिरींत आसरा दिला. विजापूरदरबारचीही मसलत फसली व त्यांची युक्ति त्यांच्याच गळ्यांत आली. चंद्रराव मो-यानें मात्र विनाकारण शिवाजीचा द्वेषभाव संपादला. या अपराधाबद्दल शिवाजीचे सेवक राघो बल्लाळ व संभाजी कावजी यांणीं आपण होऊनच मो-याचा पुरा सूड उगविला. बाजी शामरावास मदत केल्याच्या संशयावरून या जोडीनें मो-याचा असा विश्वासघातानें गळा कापावा ही गोष्ट निंद्य आहे यांत शंका नाहीं. बखरकारांनींही या कृत्याचें समर्थन केलेलें नाहीं. मो-याच्या नाशाची गोष्ट शिवाजीस कळली तेव्हां त्यास फारसें वाईट वाटलें नाहीं खरें ; तरी आनंदाची गोष्ट ही की, मुळापासून त्याचें अंग या कृत्यांत बिलकुल नव्हतें. मो-याचा अशा रीतीनें शेवट झाल्यानंतर त्याच प्रांतांतील जहागिरदार सुर्वे आणि दळवी यांसही शिवाजीनें शरण आणले. शिद्दीवरही त्याणे चाल केली, परंतु त्या स्वारीचा फारसा उपयोग झाला नाहीं.

शिवाजीस जसजशी जयश्री माळ घालूं लागली. तसतसा विजापूर दरबारचा द्वेषाग्नि अधिक भडकत चालला व शिवाजीची आहुति घेण्याची त्यांणीं जय्यत तयारी चालविली. शहाज़ीस त्रास देऊन शिवाजी ताळ्यावर यावयाचा नाहीं, ही गोष्ट त्यांस आतां पक्की कळून चुकली होती. विजापूर दरबारनें शिवाजीचा खून करण्याकरतां पाठविलेल्या बाजी शामरावास तर शिवाजीनें चांगलेंच फसविलें. चंद्रराव मो-यावर विजापूर दरबारची बरीच भिस्त होती. पण मोरे, दळवी, सुर्वे यांचा शिवाजीच्या सैन्यापुढें टिकाव लागेना. इतक्या थरास गोष्ट आली, तेव्हां विजापूर दरबारनें आपला नांवाजलेला हुषार पठाण वीर अफझुलखान यास त्याचे हाताखालीं मोठें सैन्य देऊन शिवाजीवर रवाना केलें. कर्नाटकचे माहिमेंत अफझुलखान होता. या मोहिमेंत असतां शहाजीच्या शत्रूस साहाय्य करून शिवाजीच्या वडील भावास त्याणें मारविलें असा त्याजवर वहीम होता. शिवाजीरूपी उंदरास जिवंत अगर मेलेला धरून आणण्याचा अफझुलनें मोठ्या गर्वानें-भर दरबारांत विडा उचलला होता. विजापूर सोडून अफझुलखान वाईस दाखल झाला. वाटेंत त्याणें तुळजापूर पंढरपूर येथील पवित्र मूर्ति फोडून देवालयें भ्रष्ट केलीं होतीं. यामुळें याच्या या स्वारीस धर्मयुद्धाचें स्वरूप आलें होतें. दोन्हीं बाजूंची मंडळी अगदी चेतावून गेली होती. या युद्धाच्या निकालावर फार महत्वाच्या गोष्टींचा निकाल अवलंबून होता. जो पक्ष विजयी होईल तो जगणार व जो पराभव पावेल तो नामशेष होणार अशी वेळ येऊन ठेपली होती. शिवाजी आणि त्याचे सल्लागार यांणीं ह्या युद्धप्रसंगाचें महत्व पूर्णपणें ताडलें होतें. अफझुलखानाचा बीमोड करण्याची त्याणीं जारीनें तयारी चालविली होती. या संकटांतून मुक्त होण्यास काय उपाय योजावे हें निश्चित करण्यापूर्वी शिवरायानें आईभवानीचें ध्यान केलें. आपण ध्यानस्थ असतां आपल्या तोंडून जगदंबा जे शब्द वदवील त्याप्रमाणें पुढील सर्व व्यवस्था करावयाची असल्यामुळें, हे शब्द बरोबर टिपून घेण्यास शिवाजीनें चिटणवीस यांस सांगितलें होतें.